国民军退出北京后,奉直联军围剿国民军的战争并未停息。1926年5月10日,奉直联军进一步与晋、陕、甘等地方军阀联盟,在北京成立“讨赤联军办事处”。5月底至6月底,直奉两方分别罢免了各自内部倾向于联合国民军的靳云鹗和李景林。吴佩孚和张作霖于6月底会晤北京,决定由吴佩孚亲自指挥南口一线直奉联军与国民军的决战。但此时中国政局出现了颇具戏剧色彩的场面。冯玉祥及国民军在政治上一再倒退,仍想留在北洋军阀体系中。而奉直军阀不谙南方正在迅速高涨的革命大势,根本没有把广东革命政府的力量放在眼中,将主力倾巢向北,视国民军为头等敌人和重点打击对象,直至将国民军逼到除非投奔南方党军,否则灭绝的境地。国民军退守南口后,还曾派人向吴佩孚乞降,而吴佩孚仍坚持国民军必须全体缴械,结果将国民军逼上“梁山”,不得不与南方北伐军联手。国民军与北伐军结盟后,直奉集全力于北方战事的方针,最终成为战略上的一大败笔。
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