股份制改造势必会加速形成一大批大、优、强的企业和企业集团，这无疑将对整个经济结构的优化调整和国家综合竞争实力的增强起积极作用。然而问题的复杂性在于，这种态势如果过分强化，就很可能导致企业结构畸型，引发严重的社会经济问题。不仅中国的中长期发展将面临巨大的人口与就业压力，而且就目前亏损和严重亏损的国企里，就有数千万职工滞留。社会保障只是提供基本的安全条件，积极再就业才是根本出路。但这些人很难进入大、优、强的公司制企业，可行的出路之一就是到中小企业里去寻找就业机会。
一个国家如果没有大量富有活力和宽广就业容量的中小企业群，其企业结构就不是充分合理的。但这种中小企业群的主体组织形式不是股份公司制，而是多样化的民营个体企业和合伙制企业。以美国为例，这种非公司制企业约占全部企业总数的80%，吸收就业人数比例为40%。在中国如何构造这种新型的中小企业群，还是一个新的课题。
对国企和国有经济实施股份制改造能否最终成功，还有许多深层体制难题需要配套解决。首先要有政府职能转变的配合。国企的股份制改造，将使政府管理的国有经济和国有资产形式发生重大变化，因此按照行政职能划分的政府部门和行业管理方式及其机构设置必须有相应的大的变革才行，否则现代企业制度就会在按原有方式管理的政府面前处处碰壁。