更始帝打算将洛阳作为都城，任命刘秀代理司隶校尉，派他先去修整宫殿。刘秀于是任命下属官员，行公文统治地方官署，处理政务完全按照旧时的规章。当时的三辅官员们出城向东迎接更始帝，看到将领们经过，都用布包着头，穿着女人的衣服，全都嘲笑他们。当见到司隶校尉的属下官员，更加控制不住地高兴，老官员们有人流着泪说：“没有想到今天还能见到汉朝官员的威仪。”因此见识过刘秀的人全都对他心悦诚服。
更始帝想让亲近的大臣攻打黄河以北，大司徒刘赐说：“各家子弟中只有刘秀可以用。”朱鲔等人认为不可以，更始帝疑惑，刘赐更加深入地劝说他。更始帝于是任命刘秀为代理大司马，手持符节向北渡过黄河，镇抚慰问各州郡。
大司马刘秀抵达黄河以北，在沿途经过的郡县考察官吏，根据能力罢免和提升官员，平反释放一些没有罪的囚徒，废除王莽制定的苛政，恢复汉朝官员的头衔。官员和百姓十分喜悦，争相带着牛肉与美酒迎接犒劳，刘秀全都没有接受。
刘秀自从哥哥刘死后，每当独自一人居住的时候就不碰酒肉，枕头上有哭泣的泪痕，主簿冯异独自磕头劝慰，刘秀阻止他说：“你不要乱说！”冯异进一步劝说道：“更始帝的政务混乱，百姓都不爱戴他。人如果饥渴久了，很容易就会吃饱。如今您不奉更始帝的命令自由行事，只管理自己的行政区域，其实应该分别派遣属下官员巡行各郡县，广泛散布您的恩泽。”刘秀采纳了。