第三，《通历》在总的结构上，以自注贯穿全书，且申其编年之意。作者一方面略按朝代顺序记事，另一方面十分注意于朝代与朝代之间的衔接。这种衔接的形式是作者的自注。如：
——于两晋之际注曰：“右，自武帝受禅至愍帝遇弑，合五十二年，是为西晋。中宗元皇帝兴江东，是为东晋。”
——于东晋、刘宋之际注曰：“右，自元帝中兴至恭帝逊位于（刘）裕，凡十一帝、一百四年，是为东晋；通西晋共十八帝、合一百五十六年而禅于宋。”
——于南朝梁、陈之际注曰：“右，梁四主，五十六年，为陈所灭。”又：“右，后梁三主，凡三十三年。总按：‘后梁起于（梁）敬帝即位同年，至陈后主祯明元年国灭，入隋，封琮为莒国公也。’”
——于北魏、西魏之际按曰：“出帝与高欢有违言，乃西人关依宇文泰于长安，后遇鸩毒。泰乃立孝文孙南阳王宝炬为帝，称大统元年。”这里，作者还是强调了以西魏为正统。