袁世凯被迫取消帝制，是护国战争和讨袁阵营的重大胜利，但袁世凯的皇帝梦破灭了，权力欲却依旧，他在下令撤销帝制的申令中，除反复辩白，将实行帝制归因于“民意”外，还恬言称：“今承认之案，业已撤销，如有扰乱地方，自贻口实，则祸福皆由自召，本大总统本有统治全国之责，亦不能坐视沦胥而不顾。”于此一笔点出自己大总统的身份，企图仍旧把持大位。故袁取消帝制后的国内政治形势并未立见缓和，袁世凯的地位问题成为南北双方矛盾的焦点。
3月30日，北京政事堂和统率办事处致电护国军将领蔡锷、唐继尧、陆荣廷、刘显世，先是大言不惭地声称：“帝制发生，实非元首本意，当日群言蜂起，元首尚认为不合时宜，乃中外有力之人，群相推戴，诸公亦同在赞成之列，勉强承认并未正位。滇省发难，致动干戈，元首既有罪己之文，吾辈亦负罔上之责，即诸君以为共和不宜改变，初亦可直言无隐，弭祸无形。迨事发而舒之以兵，已伤国家元气。”继又悲天悯人地表示：“大总统不忍生民之祸，且深体诸君维护共和之忱，下令撤销，痛自引咎。在诸君目的已达，帝制永无复活之期。而外顾民生，渔利纷乘，哀鸿遍野，阋墙御侮，正在此时。若以爱国始，而以祸国终，诸君明达，当不其然。务望诸君罢兵息民，恢复元气。”袁企图继续赖在大总统之位的用意自为讨袁阵营方面所知。梁启超认为：“袁氏图帝不成，乃欲更保总统，反复无耻，至于此极。威信坠地，中外共弃，岂复能有统治国家之力。”如不于此时逼其退位，则“必将衔恨报复，权既复归于彼，势且听其鱼肉”，因此坚持其必须下台。梁的看法成为讨袁阵营方面的共识。3月31日，蔡锷在致梁电中认为：“袁逆以兵事失败，外交逼紧，财政困穷，人心鼎沸，不得已而取消帝制，以为目前缓和人心，将来复可卷土重来之计。吾侪亟宜趁此时联络各省，迫袁退位，照约法以副总统摄职，仍召集国会行正式选举。”唐继尧、刘显世、陆荣廷等亦表赞成。此时南方已不再承认袁大总统地位的合法性，不再与袁直接打交道。4月2日，蔡锷径电黎元洪、徐世昌和段祺瑞：“祸源不清，乱终靡已。默察全国形势，人民心理尚未能为项城曲谅。凛已往之玄黄乍变，虑日后之覆雨翻云。已失之人心难复，既堕之威信难挽。”明言要袁“洁身引退”。18日，由唐继尧领衔，护国军领袖以军政府名义发表一、二号宣言，认“袁世凯谋叛罪之成立既已昭然，即将帝制撤销，已成之罪固在”；宣言袁世凯“自民国四年十二月十三日下令称帝以后，所有民国大总统之资格，当然消灭”；“所遗未满之任期当然由副总统继任”，“恭承现任副总统黎公元洪为中华民国大总统”。中华革命党和欧事研究会方面也强烈反对袁世凯保留总统地位。4月15日，黄兴发表通电，宣示其“不去袁逆，国难无已，望力阻调停，免贻后累”的主张；5月9日，孙中山发表《讨袁宣言》，责“袁氏今日，势已穷蹙，而犹徘徊观望，不肯自归于司败，此固由其素性贪利怙权，至死不悟”；提出“今日为众谋救国之日，决非群雄逐鹿之时，故除以武力取彼凶残外，凡百可本之约法以为解决”。但由于护国战争主要是由进步党人推动西南地方而发动，因此已经起事的滇、黔、桂三省仍然为讨袁阵营的主力，他们一方面继续推动其他各省加入讨袁阵营，壮大讨袁力量；另一方面也在筹备成立某种形式的联合政务机构，以使讨袁阵营形成统一领导，用一个声音对外发言；总的目标是逼袁世凯退位下台，另组中央政府。