6月7日，日军占领台北。9日，日军占领沪尾。11日，北白川能久率近卫师团司令部进驻台北。15日，桦山资纪从淡水乘火车抵达台北。17日，设台湾总督府于台北，并举行所谓“始政典礼”。后来，日本政府便视此日为其在台湾殖民统治的开始，定为所谓的“始政纪念日”。
二　台湾军民浴血抗日
台湾民主国失败和官绅纷纷内渡之后，吴汤兴、姜绍祖和徐骧领导的三支义军以及刘永福率领的黑旗军成为抗击日军、保卫台湾的中坚力量。
占领台北的日军决定向位于台北南面的新竹发起进攻，企图打通南侵的道路。新竹原无防营驻守，台北失陷之前，防军傅德升、谢天德部北上驰援，抵达新竹。义军吴汤兴、徐骧、邱国霖、吴镇洸等部以及前台湾镇总兵吴光亮1个营、提督首茂林和傅宏禧各2个营，亦会集于新竹，共1万余人。众推吴汤兴为抗日义军首领。6月11日，吴汤兴集众列营，祭旗誓师。次日又发布告示，揭露日军侵略罪行，号召人民奋起抗战，然后率义军由新竹沿铁路北上，以迎击南侵之日军。因吴汤兴义军皆来自新竹、苗栗二县，故有“新苗军”之称。